历史渊源
始建与更名：云盖寺建于宋朝，原称三宝寺，明重修时易名为云盖寺，是南澳岛上最早的佛寺道场之一。
历史变迁
明朝时因海盗交汇寺被荡然，发展历史明万历二年（1574）陈天资《东里志•疆域志》载曰：“云盖寺在南澳之东南，宋时所建，石上有‘紫云华盖’四字”。明朝时，因云盖寺遐迩闻名，故也成为寺下数村地域总称，后才简称为“云澳”至今。古刹不知几经浮沉，明季海盗交汇，寺遂荡然，后重建，最盛时有9座堂宇，因僧不道受剿，拆存后座观音院。1966年冬，“文革”中遭“革命造反派”剿毁，文物被砸，尼师被逐。1985年起在多方资助下修葺、重建、扩大。
建筑布局与特色
整体布局：
党的三中全会后，住持释通教法师广结善缘，携徒众予以修建。重建后的云盖寺坐东北向西南，建筑面积约1451平方米。
进入前门楼，右边有妙香亭，透过亭台窗口可眺望大道正前方的官屿胜景，为岛上风景一绝。
与亭隔埕相对的是大殿，大殿两厢，东为楼西为平房，还有后门楼澄心亭（内奉汉白玉雕四面佛）等。
独特之处：大殿内佛龛主奉观音，这与一般寺庙主奉释迦牟尼佛不同，相传是因古刹原9座堂宇被拆存观音院之故。
文化价值
文物保护单位：1992年8月15日，云盖寺被南澳县政府公布为第二批文物保护单位。
南澳八景之一：云盖寺是南澳有名的八景之一，即古寺晴云。其自然景观与人文景观相得益彰。
